Естественно-научный профиль ориентирует учащихся на такие сферы деятельности, как медицина, биотехнологии и др. В данном профиле для изучения на углубленном уровне выбраны учебные предметы и элективные курсы преимущественно из предметных областей «Математика и информатика» и «Естественные науки». На углубленном уровне изучается химия и биология.
В соответствии со спецификой и возможностями образовательного учреждения в учебный план естественнонаучного профиля обучения включены курсы по выбору обучающихся, предлагаемые школой:
«Избранные вопросы неорганической и органической химии»;
«Избранные вопросы курса биологии».