Естественно-научный профиль ориентирует учащихся на такие сферы деятельности, как медицина, биотехнологии и др. В данном профиле для изучения на углубленном уровне выбраны учебные предметы и элективные курсы преимущественно из предметных областей «Математика и информатика» и «Естественные науки». На углубленном уровне изучается математика, химия, биология.
В учебный план естественнонаучного профиля обучения включены дополнительные учебные предметы: обществознание, информатика и география.
В соответствии со спецификой и возможностями образовательного учреждения в учебный план естественнонаучного профиля обучения включены курсы по выбору обучающихся, предлагаемые школой:
«Избранные вопросы неорганической и органической химии»;
«Избранные вопросы курса биологии»;
«Избранные вопросы математики»;
«Орфография и пунктуация. Повторяем и делаем открытия».